Den dimension af AMID, der beskæftiger sig med forskeruddannelse, er en vigtig del af akademiets aktiviteter. Studerende, der er ved at tage deres doktorgrad, tilbydes akademisk feedback fra en vejleder og en bi-vejleder, de deltager i Ph.d.-kurser og seminarer og fremlægger præsentationer af deres egne projekter i et interdisciplinært miljø blandt doktorer og seniorforskere. Ydermere står ph.d.-stipendiater for at afholde kurser, enkeltvis eller sammen med andre, og fungerer som vejledere for studerendes projekter inden for deres forskningsområder. En gang imellem tilbyder akademiet fuldt betalte treårige Ph.d.-stipendier, der vil blive opslået offentligt, også på denne webside (under 'Stillinger'). I Gæsteforskerprogrammet opfordres internationale ph.d.-studerende til at ansøge om et ophold ved AMID. På forskeruddannelsesområdet samarbejder AMID med forskerskolen SPIRIT (School for Postgraduate Interdisciplinary Research on Interculturalism and Transnationality) ved Aalborg Universitet.